O conceito de segurança alimentar e nutricional (SAN) engloba as dimensões da higiene e saúde e constitui um pilar estrutural à política educacional. Esta pesquisa avaliou se a execução do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE) atende às exigências legais no que tange à higiene alimentar e adequação às normas técnicas desde a produção primária até a manipulação final do alimento. Para tal, foi formulada uma pesquisa qualitativa aplicada em um município paulista, onde os dados foram obtidos por meio de entrevistas semiestruturadas, com base na legislação vigente, e, posteriormente, avaliadas por um sistema de pontuação para graduar seu desempenho. Os resultados demonstraram que a infraestrutura dos ambientes, capacitação dos agentes, fiscalização e controle dos processos, escassez de recursos financeiros e dificuldade de articulação das ações entre os agentes envolvidos na execução do Programa são os principais obstáculos para a melhoria nas condições de higiene da alimentação escolar.